Il tuo istinto è corretto. Hai ricevuto due cose dal tuo CTO: (a) un regalo, e il galateo convenzionale (per Miss Manners) richiede di ringraziare le persone che le fanno regali, e (b) un raccomandazione (la parte del “grazie”). Dato che sono venuti insieme e bisogna comunque riconoscere il regalo, si può rispondere con qualcosa come “grazie per il bonus e il riconoscimento”. Soprattutto quando il riconoscimento viene dai livelli più alti di un'organizzazione, hai tutto da guadagnare e niente da perdere essendo un grazioso destinatario.
Dal momento che il CTO ti ha inviato un'e-mail, dovresti rispondere in natura - in parte perché stai solo continuando il locale che ha scelto, e soprattutto perché è puntuale. Farlo aspettare diversi giorni per la tua risposta potrebbe fargli pensare che non hai apprezzato il regalo. Se vi avesse inviato una lettera tramite posta fisica, allora sarebbe più complicato: rispondere su carta non è sbagliato, ma se si tratta di qualcuno con cui interagite regolarmente, via e-mail o faccia a faccia, potreste considerare di dare più valore alla tempestività che alla formalità e all'uso della posta elettronica. È meglio che la vostra risposta arrivi prima del prossimo incontro con lui, per evitare qualsiasi imbarazzo (l'ha ricevuta? L'ha apprezzata?).